Deși Queen avea mult succes comercial, formația primea impresii slabe de la criticii rock și de la reviste precum NME și Rolling Stone. Începând cu anii '70, mulți critici au îmbrățișat mișcarea punk rock. Un critic de la Rolling Stone și-a spus părerea despre albumul trupei din 1974: Queen II (jumătate a fost scris de Mercury) a avut „complexitate compoziționala abruptă și fără rost, și lipsă de melodie.

• Etnicitatea

Mercury a fost criticat pentru faptul că și-a ascuns etnicitatea indiană de public. Colegul de trupă Roger Taylor a sugerat că Mercury a făcut acest lucru pentru că acesta considera că nu se potrivește cu statutul său de persoană publică.

• Controversa

Mercury și Queen au fost aspru criticați la mijlocul anilor 1980 pentru faptul că au susținut concerte în Sun City, provincia North West, un complex luxos turistic din Africa de Sud. În ciuda faptului că muzicienii britanici au dorit să cânte, au prevăzut în contract și au cântat în fața unor audiențe mixte, ne-segregate, ca rezultat a acestor spectacole, formația Queen și componenții săi au fost plasați de Națiunile Unite pe lista neagră a artiștilor care au încălcat boicotul regimului de apartheid și au fost aspru criticați în reviste precum NME. Criticii de specialitate și publicul american i-au ignorat apoi pe Mercury, Deacon, May și Taylor până în 1991, anul morții lui Freddie, după care refluxul refuzului și ignorării lor a devenit fluxul creșterii extraordinare a recunoașterii celor patru muzicieni.

O altă controversă a apărut în august 2006, când organizația numită Islamic Mobilization and Propagation a adresat o petiție ministerului culturii din Zanzibar, ca marea sărbătoare a ceea ce ar fi fost a 60-a aniversare a lui Mercury să fie anulată. Organizația s-a plâns de diverse aspecte ale organizării evenimentului, incluzând că Mercury nu a fost un adevărat zanzibarian și că acesta a trăit o viață care nu respectă legile islamului, religia dominantă a insulei. Organizația pretindea că asocierea lui Mercury cu Zanzibar degradează insula. Sărbătoarea a fost prin urmare anulată.